区别一:这是两种完全不同的病原体。衣原体主要寄存于猫咪的眼部、咽喉部、宫颈内和尿道内；支原体多寄存于猫咪腔道黏膜中。

区别二:感染部位有所不同。猫咪衣原体感染严重，常会导致眼角分泌物超多，生殖系统感染居多；而支原体感染多表示为呼吸道、泌尿系统感染。