内蒙古超算中心由中科院计算技术研究所和内蒙古自治区人民政府共同合作运营，中科院计算技术研究所是国内领先的超算研究机构，拥有丰富的超算运营和管理经验，内蒙古自治区人民政府则为超算中心提供了支持和资源。这种合作模式保证了内蒙古超算中心在技术研发、运营管理和政府支持方面都能得到充分的保障，为内蒙古地区的超算发展提供了强大的支持和保障。