中科水泵5000L和8000L的主要区别在于其容量和功率。

5000L的水泵容量较小，适用于较小水体或较低流量的场合，如小型鱼缸、水族箱等。而8000L的水泵容量较大，可以提供更高的流量和扬程，适用于较大水体或较高流量的场合，如大型池塘、景观水池等。

此外，中科水泵5000L和8000L在功率上也存在差异。一般来说，8000L的水泵功率更大，需要更高的能耗来维持运转，而5000L的水泵功率相对较小，能耗较低。

总之，选择中科水泵5000L还是8000L，需要根据实际需求来决定，以达到最佳的使用效果。