海南轮渡公司将新能源车排在最后的原因主要是出于安全考虑。新能源车的电池存在自燃和爆炸的风险，如果在船上发生事故，会危及船只和乘客的安全。为了防止这种情况，一些轮渡公司要么禁止新能源车上船，要么要求新能源车最后上船，并停在靠近船尾的位置，方便紧急处理。

这样安排新能源车排在最后有以下几个原因：

方便紧急处理：将新能源车排在最后，可以确保在紧急情况下能够及时处理。如果新能源车发生自燃或爆炸，船上的乘客和其他车辆可以尽快离开船只，减少人员伤亡和财产损失的风险。

减少火灾传播：将新能源车排在最后，可以减少火灾传播的可能性。如果新能源车发生火灾，靠近船尾的位置可以将火势限制在较小的范围内，减少对其他车辆和船只的影响。

保护其他乘客和车辆：将新能源车排在最后，可以保护其他乘客和车辆的安全。如果新能源车发生事故，其他乘客和车辆可以更容易地逃离危险区域，减少受伤的可能性。

综上所述，海南轮渡公司将新能源车排在最后是为了确保船只和乘客的安全，并减少火灾传播和其他车辆的受损风险。